| MirGeneDB ID | Ocu-Mir-488 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-488 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ocu-mir-488 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-488 Cfa-Mir-488 Cja-Mir-488 Dno-Mir-488 Eca-Mir-488 Ete-Mir-488 Hsa-Mir-488 Laf-Mir-488 Mml-Mir-488 Mmr-Mir-488 Mmu-Mir-488 Pab-Mir-488 Rno-Mir-488 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (oryCun2_add) |
chr13: 4108648-4108705 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGAAAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUAUAGUGGAGAACCUCAGGGAUCAUCUCUCCCAGAUAAUGGCACCCUCAAACCAGUGUCCAGUUGUUUGAAAGGCUAUUUCUUGGUCAGAAGACUCUCAAUUUCUUCUGGAAGCCUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUAUAGUGGAGAACCUCA- -| A CU C U ACCC CAGUG GGGA UC UCU CC AGA AAUGGC UCAAAC U CUCU AG AGA GG UCU UUAUCG AGUUUG C CUCCGAAGGUCUUCUUUAA C^ A CU U - GAA- UUGAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ocu-Mir-488_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0048475 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGAUAAUGGCACCCUCAAAC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Ocu-Mir-488_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0048476 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UUGAAAGGCUAUUUCUUGGUC -58
Get sequence
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