| MirGeneDB ID | Ocu-Mir-505 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-505 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ocu-mir-505 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ocu-Mir-505-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cja-Mir-505 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (oryCun2_add) |
chrUn0002: 3182537-3182595 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-505-v2) |
Mir-505-v1
chrUn0002: 3182537-3182595 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-505-v2 chrUn0002: 3182537-3182595 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Ocu-Mir-505-v2 |
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| Seed | UCAACAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGCCGGUGGUAAAUUGAUGCACCCAGUGGGGGAGCCAGGAAGUAUUGAUGUUUCUGCCAGUUUAGCGUCAACACUUGCUGGUUUCCUCUUUGGAGCAUCACCAAAUUCGUGGAUUAUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUGCCGGUGGUAAAUUG---| AC U G A UUCUGC AUGC CCAG GGGGGAGCCAG AAGU UUGAUGU \ UACG GGUU CUCCUUUGGUC UUCA AACUGCG C CUAUUAGGUGCUUAAACCAC^ A- U G C AUUUGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ocu-Mir-505-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0048503 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGGAGCCAGGAAGUAUUGAUGU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Ocu-Mir-505-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0048504 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GUCAACACUUGCUGGUUUCCUC -59
Get sequence
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| Variant | Ocu-Mir-505-v1 |
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| Seed | GUCAACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGCCGGUGGUAAAUUGAUGCACCCAGUGGGGGAGCCAGGAAGUAUUGAUGUUUCUGCCAGUUUAGCGUCAACACUUGCUGGUUUCCUCUUUGGAGCAUCACCAAAUUCGUGGAUUAUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUGCCGGUGGUAAAUUG---| AC U G A UCUGC AUGC CCAG GGGGGAGCCAG AAGU UUGAUGUU \ UACG GGUU CUCCUUUGGUC UUCA AACUGCGA C CUAUUAGGUGCUUAAACCAC^ A- U G C UUUGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ocu-Mir-505-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0048503 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGGAGCCAGGAAGUAUUGAUGUU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Ocu-Mir-505-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0048504 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CGUCAACACUUGCUGGUUUCCUC -59
Get sequence
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