| MirGeneDB ID | Ofu-Novel-5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | OFU-NOVEL-5 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tubeworm (Owenia fusiformis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | O. fusiformis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | O. fusiformis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_903813345.2_Owenia) |
CAIIXF020000009.1: 37180959-37181018 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-5) |
Novel-4
CAIIXF020000009.1: 37179703-37179762 [+]
Novel-5 CAIIXF020000009.1: 37180959-37181018 [+] |
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| Seed | AGAGUCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCUGCUCAAGACAUUAAUGCUGUUUUAGUUUAGAGUCCAUGGUAUCUGAAAUCAGGAAUUGAAUUGACUUCAGUACCAUGAGGCCCUAAUACUGAACAGUUCAACAACAAUUGCUUACCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCUGCUCAAGACAUUAAU-- U - A -| U A AGGAA GCUG UUUAGU UUAG GUC CAUGGUA CUGAA UC U UGAC AAGUCA AAUC CGG GUACCAU GACUU AG U ACCAUUCGUUAACAACAACU - U C A^ - C UUAAG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There are Dicer cuts +1 and -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ofu-Novel-5_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGAGUCCAUGGUAUCUGAAAUC -23
Get sequence
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| Star sequence | Ofu-Novel-5_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CUUCAGUACCAUGAGGCCCUAAU -60
Get sequence
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