| MirGeneDB ID | Ovu-Mir-12513 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12513 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Common octopus (Octopus vulgaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ovu-Mir-12513-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Esc-Mir-12513 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Coleoidea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Coleoidea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_003957725.1_ASM395772v1_OVU) |
RXHP01013033.1: 23749-23803 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12513-v2) |
Mir-12513-v1
RXHP01013033.1: 23748-23804 [+]
Ensembl
Mir-12513-v2 RXHP01013033.1: 23749-23803 [+] Ensembl |
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| Variant | Ovu-Mir-12513-v2 |
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| Seed | CCGAUUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGAUGAACGCAUCUCACGGGUCAACACGUUCCGAUUGUUCUAAGUCCGGCUCUUAGUUAAAAGCCGGACUUGAAAAAUCGGAGUGUGUGAGCCGAUUCAGACACGAGACGAACAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAGAUGAACGCAUCUCA---| G A G U CUUA CGG UCA CACGUUCCGAUU UUC AAGUCCGGCU G GCC AGU GUGUGAGGCUAA AAG UUCAGGCCGA U ACAAGCAGAGCACAGACUUA^ G - A - AAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ovu-Mir-12513-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCCGAUUGUUCUAAGUCCGGCUC -23
Get sequence
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| Star sequence | Ovu-Mir-12513-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
33- GCCGGACUUGAAAAAUCGGAGU -55
Get sequence
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| Variant | Ovu-Mir-12513-v1 |
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| Seed | UCCGAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACAGAUGAACGCAUCUCACGGGUCAACACGUUCCGAUUGUUCUAAGUCCGGCUCUUAGUUAAAAGCCGGACUUGAAAAAUCGGAGUGUGUGAGCCGAUUCAGACACGAGACGAACAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACAGAUGAACGCAUCUCA---| G A G U CUUA CGG UCA CACGUUCCGAUU UUC AAGUCCGGCU G GCC AGU GUGUGAGGCUAA AAG UUCAGGCCGA U GACAAGCAGAGCACAGACUUA^ G - A - AAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ovu-Mir-12513-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUCCGAUUGUUCUAAGUCCGGCU -23
Get sequence
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| Star sequence | Ovu-Mir-12513-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- CCGGACUUGAAAAAUCGGAGUG -57
Get sequence
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