| MirGeneDB ID | Ovu-Mir-12535 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12535 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Common octopus (Octopus vulgaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ovu-Mir-12535-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Coleoidea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Coleoidea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_003957725.1_ASM395772v1_OVU) |
RXHP01067064.1: 772-832 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12535-v2) |
Mir-12535-v1
RXHP01067064.1: 772-832 [-]
Ensembl
Mir-12535-v2 RXHP01067064.1: 772-832 [-] Ensembl |
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| Variant | Ovu-Mir-12535-v2 |
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| Seed | UUCAUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGGAUGUUGAUCCAACAGAUAGAGCCAGUACAGCCUUGCAGAUGGUCAAAUACGUUUUAGGAAGACAUUUCAUCAUUCACAAGGCUGCACUGUCGCUGUCUACAUCAACAUUAGAGCCUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUGGAUGUUGAUCCAAC--| AGC A CA C ACGUUUU AGAUAG CAGU CAGCCUUG GAUGGU AAAU \ UCUGUC GUCA GUCGGAAC UUACUA UUUA A UUCCGAGAUUACAACUACA^ GCU C AC C CAGAAGG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ovu-Mir-12535-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACAGCCUUGCAGAUGGUCAAAUA -23
Get sequence
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| Mature sequence | Ovu-Mir-12535-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UUUCAUCAUUCACAAGGCUGCAC -61
Get sequence
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| Variant | Ovu-Mir-12535-v1 |
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| Seed | UCAUCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGGAUGUUGAUCCAACAGAUAGAGCCAGUACAGCCUUGCAGAUGGUCAAAUACGUUUUAGGAAGACAUUUCAUCAUUCACAAGGCUGCACUGUCGCUGUCUACAUCAACAUUAGAGCCUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUGGAUGUUGAUCCAAC--| AGC A CA C ACGUUUU AGAUAG CAGU CAGCCUUG GAUGGU AAAU \ UCUGUC GUCA GUCGGAAC UUACUA UUUA A UUCCGAGAUUACAACUACA^ GCU C AC C CAGAAGG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ovu-Mir-12535-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACAGCCUUGCAGAUGGUCAAAU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Ovu-Mir-12535-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UUCAUCAUUCACAAGGCUGCAC -61
Get sequence
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