| MirGeneDB ID | Ovu-Mir-12578 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12578 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Common octopus (Octopus vulgaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Obi-Mir-12578-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Octopus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Octopus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_003957725.1_ASM395772v1_OVU) |
RXHP01012977.1: 2440-2499 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12578-v1) |
Mir-12578-v1
RXHP01012977.1: 2440-2499 [-]
Ensembl
Mir-12578-v2 RXHP01012977.1: 2440-2499 [-] Ensembl |
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| Variant | Ovu-Mir-12578-v1 |
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| Seed | AGGAGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGUUUAUUAGAUGAACAUCUUGGGAAACCACUUUAAUAUGCAGUCUCCUUUAGUCUGUCUAAUUAAAAGGAGCUGUGUAUUAGAAGAGAUUUGCCAAGAAAUCAGGCACCAAAAUUCUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GUGUUUAUUAGAUGAACA-- G CCAC-| U AGUCUG UCUUGG AAA UUUAAUAUGCAG CUCCUUU U AGAACC UUU AGAUUAUGUGUC GAGGAAA C AUCUUAAAACCACGGACUAA G AGAGA^ - AUUAAU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ovu-Mir-12578-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUUUAAUAUGCAGUCUCCUUUA -23
Get sequence
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| Mature sequence | Ovu-Mir-12578-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AAGGAGCUGUGUAUUAGAAGAGA -60
Get sequence
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| Variant | Ovu-Mir-12578-v2 |
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| Seed | GGAGCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGUUUAUUAGAUGAACAUCUUGGGAAACCACUUUAAUAUGCAGUCUCCUUUAGUCUGUCUAAUUAAAAGGAGCUGUGUAUUAGAAGAGAUUUGCCAAGAAAUCAGGCACCAAAAUUCUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GUGUUUAUUAGAUGAACA-- G CCAC-| U AGUCUG UCUUGG AAA UUUAAUAUGCAG CUCCUUU U AGAACC UUU AGAUUAUGUGUC GAGGAAA C AUCUUAAAACCACGGACUAA G AGAGA^ - AUUAAU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ovu-Mir-12578-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUUUAAUAUGCAGUCUCCUUU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Ovu-Mir-12578-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AGGAGCUGUGUAUUAGAAGAGA -60
Get sequence
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