| MirGeneDB ID | Pab-Mir-582 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-582 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pab-Mir-582-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cja-Mir-582 Eca-Mir-582 Ocu-Mir-582 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054683.2: 68851657-68851714 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-582-v2) |
Mir-582-v1
CM054683.2: 68851656-68851715 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-582-v2 CM054683.2: 68851657-68851714 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Pab-Mir-582-v2 |
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| Seed | ACAGUUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACCACAACAAGUCAAUCUGUGCUCUUUGAUUACAGUUGUUCAACCAGUUACUAAUCUAACUAAUUGUAACUGGUUGAACAACUGAACCCAAAGGGUGCAAAGUAGAAACAUUUCAUUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACCACAACAAGUCAAUC--| UG AUUA UAAUCU UG CUCUUUG CAGUUGUUCAACCAGUUAC A AC GGGAAAC GUCAACAAGUUGGUCAAUG A GUUACUUUACAAAGAUGAA^ GU CCAA UUAAUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Pab-Mir-582-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACAGUUGUUCAACCAGUUACU -22
Get sequence
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| Star sequence | Pab-Mir-582-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UAACUGGUUGAACAACUGAACC -58
Get sequence
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| Variant | Pab-Mir-582-v1 |
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| Seed | UACAGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GACCACAACAAGUCAAUCUGUGCUCUUUGAUUACAGUUGUUCAACCAGUUACUAAUCUAACUAAUUGUAACUGGUUGAACAACUGAACCCAAAGGGUGCAAAGUAGAAACAUUUCAUUGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GACCACAACAAGUCAAUC--| UG AUUA UAAUCU UG CUCUUUG CAGUUGUUCAACCAGUUAC A AC GGGAAAC GUCAACAAGUUGGUCAAUG A UGUUACUUUACAAAGAUGAA^ GU CCAA UUAAUC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Pab-Mir-582-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUACAGUUGUUCAACCAGUUAC -22
Get sequence
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| Star sequence | Pab-Mir-582-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AACUGGUUGAACAACUGAACCC -60
Get sequence
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