| MirGeneDB ID | Pau-Mir-92-o122 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Horseshoe worm (Phoronis australis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pau-Mir-92-o120 Pau-Mir-92-o121 Pau-Mir-92-o123 Pau-Mir-92-o124 Pau-Mir-92-o125 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Asu-Mir-92 Cel-Mir-92 Esc-Mir-92 Gsp-Mir-92 Hmi-Mir-92 Isc-Mir-92 Obi-Mir-92 Sme-Mir-92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | P. australis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Phoronis_australis_GCA_002633005) |
NMRA01000128.1: 171049-171107 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-o122) |
Mir-92-o122
NMRA01000128.1: 171049-171107 [-]
Ensembl
Mir-92-o121 NMRA01000128.1: 171272-171335 [-] Ensembl Mir-92-o120 NMRA01000128.1: 171533-171590 [-] Ensembl |
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| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUAUGUAUGCGCAUUGAAGUGGGUUGUAGUAGGCCGUGUCAGGAGCAAUAUUUGUGUGUCCUCAUCAAAUUGCACUUGUCCCGGCCUACAGCAGAUCCGUGCUUUCUUCAUCAUCGCACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUAUGUAUGCGCAUUGAAG- -| A UGU A AUUUGUGUG UGGGU UGU GUAGGCCG CAGG GCAAU \ GCCUA ACG CAUCCGGC GUUC CGUUA U CACGCUACUACUUCUUUCGU G^ A CCU A AACUACUCC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-92 genes were present in the last common ancestor of bilaterians and how the vertebrate Mir-92s relate to the invertebrate Mir-92s and thus these multiple paralogues in invertebrates are classified here as orphans pending additional data. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pau-Mir-92-o122_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGCCGUGUCAGGAGCAAUAUUU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Pau-Mir-92-o122_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AAUUGCACUUGUCCCGGCCUAC -59
Get sequence
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