| MirGeneDB ID | Pbv-Mir-199-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-199 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Burmese python (Python bivittatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | pbv-mir-199-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pbv-Mir-199-P1-v1 Pbv-Mir-199-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-199-P3-v1 Ami-Mir-199-P3-v1 Bta-Mir-199-P3-v1 Cfa-Mir-199-P3-v1 Cja-Mir-199-P3-v1 Cpi-Mir-199-P3-v1 Cpo-Mir-199-P3-v1 Dre-Mir-199-P3-v1 Eca-Mir-199-P3-v1 Ete-Mir-199-P3-v1 Gja-Mir-199-P3-v1 Gmo-Mir-199-P3-v1 Hsa-Mir-199-P3-v1 Laf-Mir-199-P3-v1 Lch-Mir-199-P3 Loc-Mir-199-P3-v1 Mal-Mir-199-P3-v1 Mdo-Mir-199-P3-v1 Mml-Mir-199-P3-v1 Mmr-Mir-199-P3-v1 Mmu-Mir-199-P3-v1 Mun-Mir-199-P3-v1 Neu-Mir-199-P3-v1 Ocu-Mir-199-P3-v1 Pab-Mir-199-P3-v1 Pma-Mir-199-o3 Sha-Mir-199-P3-v1 Tni-Mir-199-P3-v1 Xla-Mir-199-P3a Xla-Mir-199-P3b Xtr-Mir-199-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000186305.2_Python_molurus_bivittatus) |
KE954297.1: 75320-75382 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-199-P3-v1) |
Mir-199-P3-v1
KE954297.1: 75320-75382 [-]
Mir-199-P3-v2 KE954297.1: 75320-75382 [-] Mir-199-P3-v3 KE954297.1: 75320-75382 [-] |
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| Variant | Pbv-Mir-199-P3-v1 |
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| Seed | CAGUAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGGAAACUUUUGGAUUCUGGCCCCACCUGCCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAGGAAACUACAAAGGUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGAUUGGGUUUGGAUAAGCAUCAUUUCAGAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAGGAAACUUUUGGAUU- UG C C-| C U C U AGGAAAC C G CCCA CUG CCAGUGU CAGACUAC UGU C U G U GGGU GAU GGUUACA GUCUGAUG ACA G A AAGACUUUACUACGAAUA GU U UA^ U C - U UGGAAAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pbv-Mir-199-P3-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038996 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUUC -23
Get sequence
|
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| Mature sequence | Pbv-Mir-199-P3-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0038997 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- ACAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -63
Get sequence
|
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| Variant | Pbv-Mir-199-P3-v2 |
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| Seed | ACAGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGGAAACUUUUGGAUUCUGGCCCCACCUGCCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAGGAAACUACAAAGGUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGAUUGGGUUUGGAUAAGCAUCAUUUCAGAAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAGGAAACUUUUGGAUU- UG C C-| C U C U GGAAAC C G CCCA CUG CCAGUGU CAGACUAC UGU CA U G U GGGU GAU GGUUACA GUCUGAUG ACA GU A AAGACUUUACUACGAAUA GU U UA^ U C - U GGAAAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pbv-Mir-199-P3-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038996 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCA -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Pbv-Mir-199-P3-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0038997 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UACAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -63
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Pbv-Mir-199-P3-v3 |
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| Seed | AGUAGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGGAAACUUUUGGAUUCUGGCCCCACCUGCCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAGGAAACUACAAAGGUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGAUUGGGUUUGGAUAAGCAUCAUUUCAGAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAGGAAACUUUUGGAUU- UG C C-| C U C UCAGGAAAC C G CCCA CUG CCAGUGU CAGACUAC UGU U G U GGGU GAU GGUUACA GUCUGAUG ACA A AAGACUUUACUACGAAUA GU U UA^ U C - UGUGGAAAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pbv-Mir-199-P3-v3_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038996 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Pbv-Mir-199-P3-v3_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0038997 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- CAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -63
Get sequence
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