| MirGeneDB ID | Ple-Novel-2-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | PLE-NOVEL-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Thorny-headed worm 2 (Pomphorhynchus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ple-Novel-2-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | P. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | P. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_012934845.2_ASM1293484v2_PLE_genomic) |
WNNJ02001239.1: 258258-258378 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-2-P2) |
Novel-2-P1
WNNJ02001239.1: 248259-248379 [-]
Ensembl
Novel-2-P2 WNNJ02001239.1: 258258-258378 [-] Ensembl |
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| Seed | CGAUCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUUUCAUUAAAACUAAAUGCCAAAAAAAUCAGAUGAGUCGAGUAAUCGUCAGUCACAUUAAAAAUCAGCUACUCAUCAGCUACUGAUAUAAUACAUAUAUUUCGUGUUUGGGUUCUUUUACCGUUGGCUGACGAUCACUUGACUCGUCUUCUUUUAAUUCUAUUGAAAAGGACCGAAACGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 70 80 CUUUCAUUAAAACUAAAUGCCAAA--| UC A GUCACAUUAAAAAUCAGCUACUCAUCAGCUACUGAUAU AAAA AGAUGAGUCGAGU AUCGUCA \ UUUU UCUGCUCAGUUCA UAGCAGU A UGCAAAGCCAGGAAAAGUUAUCUUAA^ CU C CGGUUGCCAUUUUCUUGGGUUUGUGCUUUAUAUACAUA . 170 160 150 140 130 120 110 100 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ple-Novel-2-P2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGAUGAGUCGAGUAAUCGUCA -21
Get sequence
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| Mature sequence | Ple-Novel-2-P2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
100- ACGAUCACUUGACUCGUCUUC -121
Get sequence
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