| MirGeneDB ID | Rph-Bantam-P21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | BANTAM (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Japanese carpet shell (Ruditapes philippinarum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Rph-Bantam-P22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Bantam Aga-Bantam Agr-Bantam Bge-Bantam Bko-Bantam Bpl-Bantam Cte-Bantam Dan-Bantam Dgr-Bantam Dlo-Bantam Dma-Bantam Dme-Bantam Dmo-Bantam Dpu-Bantam Dsi-Bantam Dya-Bantam Eba-Bantam Esc-Bantam Gpa-Bantam Gsa-Bantam Gsp-Bantam Hme-Bantam Hru-Bantam Lan-Bantam Lgi-Bantam Lhy-Bantam Llo-Bantam Mgi-Bantam Mom-Bantam Nag-Bantam Npo-Bantam Ofu-Bantam Ovu-Bantam Pau-Bantam Pcr-Bantam Ple-Bantam Pve-Bantam Sma-Bantam Sne-Bantam Snu-Bantam Tca-Bantam Tur-Bantam War-Bantam | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | R. philippinarum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Ruditapes_GCA_009026015) |
CM018540.1: 15041974-15042034 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Bantam-P21) |
Bantam-P22
CM018540.1: 15041340-15041400 [-]
Ensembl
Bantam-P21 CM018540.1: 15041974-15042034 [-] Ensembl |
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| Seed | GAGAUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGAUUAUUUUGUUUUCAUGCCUGACGAUUCCGGUUUUCAUUCUGGUCUGACAGGUUUAUAUAUUAUCUGAGAUCAUUUUGAAAACUGAUAUUGUCACAUGACUUGACAGCGCUUGUGGAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGGAUUAUUUUGUUUUC----| CC UC UUC GA UUUAU AUG UGACGAU CGGUUUUCA UGGUCU CAGG \ UAC ACUGUUA GUCAAAAGU ACUAGA GUCU A GAGGUGUUCGCGACAGUUCAG^ -- UA UUU -- AUUAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Rph-Bantam-P21_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCGGUUUUCAUUCUGGUCUGACAGG -25
Get sequence
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| Mature sequence | Rph-Bantam-P21_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGAGAUCAUUUUGAAAACUGAUA -61
Get sequence
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