| MirGeneDB ID | Sha-Mir-12316-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12316 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sha-Mir-12316-P1-v1 Sha-Mir-12316-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Mdo-Mir-12316-P1-v1 Neu-Mir-12316-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (DEVIL_add) |
GL834788.1: 1303568-1303631 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12316-P1-v2) |
Mir-12316-P2-v1
GL834788.1: 1288785-1288849 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-12316-P2-v2 GL834788.1: 1288785-1288849 [-] UCSC Ensembl Mir-12316-P1-v1 GL834788.1: 1303568-1303631 [-] UCSC Ensembl Mir-12316-P1-v2 GL834788.1: 1303568-1303631 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Sha-Mir-12316-P1-v2 |
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| Seed | UUGAAAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUCUUACUCUCAGGUGUUGGUUGGACUAAGUGGCCUCUGAGGUUCCUUCCAACUCGGCAUUCUGUAUUUGGUUUGAAAGGGAUCAGAGGUCAUUUGGUCCAUCCCUCUGCCUCCAAACCAGACUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUCUUACUCUCAGGUGUU--| U GG - C CGGCAUU GG UGGACUAAGUGGCCUCUGA UUCCUU C AACU \ CC ACCUGGUUUACUGGAGACU AGGGAA G UUGG C UCAGACCAAACCUCCGUCUC^ U -- A U UUUAUGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Sha-Mir-12316-P1-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGCCUCUGAGGUUCCUUCCAACU -24
Get sequence
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| Mature sequence | Sha-Mir-12316-P1-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UUUGAAAGGGAUCAGAGGUCAUU -64
Get sequence
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| Variant | Sha-Mir-12316-P1-v1 |
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| Seed | UGAAAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUCUUACUCUCAGGUGUUGGUUGGACUAAGUGGCCUCUGAGGUUCCUUCCAACUCGGCAUUCUGUAUUUGGUUUGAAAGGGAUCAGAGGUCAUUUGGUCCAUCCCUCUGCCUCCAAACCAGACUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUCUUACUCUCAGGUGUU--| U GG - C UCGGCAUU GG UGGACUAAGUGGCCUCUGA UUCCUU C AAC \ CC ACCUGGUUUACUGGAGACU AGGGAA G UUG C UCAGACCAAACCUCCGUCUC^ U -- A U GUUUAUGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Sha-Mir-12316-P1-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGCCUCUGAGGUUCCUUCCAAC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Sha-Mir-12316-P1-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- UUGAAAGGGAUCAGAGGUCAUU -64
Get sequence
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