| MirGeneDB ID | Sha-Mir-12475-P20d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12475 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sha-Mir-12475-P1 Sha-Mir-12475-P2a Sha-Mir-12475-P2b Sha-Mir-12475-P3 Sha-Mir-12475-P4 Sha-Mir-12475-P5 Sha-Mir-12475-P6 Sha-Mir-12475-P7 Sha-Mir-12475-P8 Sha-Mir-12475-P9 Sha-Mir-12475-P10 Sha-Mir-12475-P11 Sha-Mir-12475-P12 Sha-Mir-12475-P13 Sha-Mir-12475-P14 Sha-Mir-12475-P15 Sha-Mir-12475-P16 Sha-Mir-12475-P17 Sha-Mir-12475-P18 Sha-Mir-12475-P19 Sha-Mir-12475-P20a Sha-Mir-12475-P20b Sha-Mir-12475-P20c Sha-Mir-12475-P21 Sha-Mir-12475-P22 Sha-Mir-12475-P23 Sha-Mir-12475-P24 Sha-Mir-12475-P25 Sha-Mir-12475-P26 Sha-Mir-12475-P27a1 Sha-Mir-12475-P27a2 Sha-Mir-12475-P27b Sha-Mir-12475-P27c Sha-Mir-12475-P28 Sha-Mir-12475-P29 Sha-Mir-12475-P30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | S. harrisii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Australidelphia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (DEVIL_add) |
GL868173.1: 1850-1910 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12475-P20d) |
Mir-12475-P27a1
GL868173.1: 372-432 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-12475-P20d GL868173.1: 1850-1910 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AGACAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCCUGUAUUUUUAAGCUGCUGAAGGUCCACUAGACAUUCUGAUACUCCAUUGUUUGUAUGACUCCUUGAACAAUGUGGUUCAGAAUGUUGUGGGCCUUUAGUACCCACAGCAUUAUCAUCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCCUGUAUUUUUAAGCU--| UA U UC UGUAUG GCUGAAGGUCCAC GACAUUCUGA AC CAUUGUU A UGAUUUCCGGGUG UUGUAAGACU UG GUAACAA C UCUACUAUUACGACACCCA^ -- - GU GUUCCU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Sha-Mir-12475-P20d_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGACAUUCUGAUACUCCAUUGUU -24
Get sequence
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| Star sequence | Sha-Mir-12475-P20d_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CAAUGUGGUUCAGAAUGUUGU -61
Get sequence
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