| MirGeneDB ID | Sme-Mir-2-o128 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Freshwater planarian (Schmidtea mediterranea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | sme-mir-2e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sme-Mir-2-o122a Sme-Mir-2-o122b Sme-Mir-2-o123 Sme-Mir-2-o124 Sme-Mir-2-o125 Sme-Mir-2-o126 Sme-Mir-2-o127 Sme-Mir-2-o129 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Gsp-Mir-2 Ple-Mir-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | S. mediterranea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Sme_GCA_002600895.1_ASM260089v1_alt) |
NNSW01000025_dd_Smes_g4_25: 5887731-5887790 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-o128) |
Mir-71-o4
NNSW01000025_dd_Smes_g4_25: 5887508-5887571 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-2-o127 NNSW01000025_dd_Smes_g4_25: 5887622-5887680 [+] UCSC Ensembl Mir-2-o128 NNSW01000025_dd_Smes_g4_25: 5887731-5887790 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCUAUGAACGGCUAUUUAUAGGUCAGAUGAAACCUAGUUGGUUGCGAUAUGUUGCCAUUCAAUACCAUAUCACAGCUUGCUCUAGGUUUAAUCUCGACUUAUUUUUCUCAUCAGUCCUAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCUAUGAACGGCUAUUU- - G UU--| C UUGCCA AUAGGUC AGAU AAACCUAG GGUUG GAUAUG U UAUUCAG UCUA UUUGGAUC UCGAC CUAUAC U UAUCCUGACUACUCUUUU C A UCGU^ A CAUAAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-2 genes were present in the last common ancestor of protostomes and how the multiple paralogues in lophotrochozoans relate to the four Mir-2 genes in arthropods. Thus all lophotrochozoan genes aside from Mir-2-P12 are classified as orphans pending further data and analysis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Sme-Mir-2-o128_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0011400 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACCUAGUUGGUUGCGAUAUG -21
Get sequence
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| Mature sequence | Sme-Mir-2-o128_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0011401 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UAUCACAGCUUGCUCUAGGUUUA -60
Get sequence
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