| MirGeneDB ID | Snu-Mir-1994-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-1994 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Peanut worm (Sipunculus nudus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Snu-Mir-1994-P5 Snu-Mir-1994-P7 Snu-Mir-1994-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cte-Mir-1994 Dgr-Mir-1994 Efe-Mir-1994 Llo-Mir-1994 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | S. nudus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_026874595.1_ASM2687459v1_Sipunculus_nudus) |
CM049320.1: 15731518-15731575 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1994-P6) |
Mir-1994-P8
CM049320.1: 15729545-15729601 [-]
Mir-1994-P7 CM049320.1: 15730544-15730600 [-] Mir-1994-P6 CM049320.1: 15731518-15731575 [-] Mir-1994-P5 CM049320.1: 15732440-15732501 [-] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAGACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUAUACCUUUAAAGAUAUUGUUCUGUUUUCCGGGGAACAAGCUUGCCUCGUUUUCGAUGUUUUAAUGAGACAGCGUGUCCUCCCGUGAAGCGGAACUUGAAUUAUCACCCGCCAUGUCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AUAUACCUUUAAAGAUAUU--- UC -|A A U C UUCGA GUUCUGUUU CGGG G ACA GCU G CUCGUU \ CAAGGCGAA GCCC C UGU CGA C GAGUAA U CUGUACCGCCCACUAUUAAGUU GU U^C G - A UUUUG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Snu-Mir-1994-P6_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGGGGAACAAGCUUGCCUCGUU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Snu-Mir-1994-P6_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UGAGACAGCGUGUCCUCCCGUGA -58
Get sequence
|
