| MirGeneDB ID | Sto-Novel-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | STO-NOVEL-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cloudy Catshark (Scyliorhinus torazame) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | S. torazame | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | S. torazame | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_003427355_STO_add) |
BFAA01001833.1: 124860-124919 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-2) |
Novel-2
BFAA01001833.1: 124860-124919 [-]
Mir-135-P1 BFAA01001833.1: 127580-127639 [-] |
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| Seed | ACAGAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAAAUCACUGAACUGCAGUCCAGGGCAAGCUACAGAGAGGACAUCUGAAACAGUUUUCCAUACCUCUGUUCACAGAUGACUUCCUGAAGCAAAGUUAAACUCUACAAACCGAGUGGAGAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UAAAUCACUGAACUGCAGUCCAGGGCAA--| A A A A- GUUUUC GCU CAG GAGG CAUCUG AACA C CGA GUC CUUC GUAGAC UUGU A AAGAGGUGAGCCAAACAUCUCAAAUUGAAA^ A - A AC CUCCAU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Sto-Novel-2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACAGAGAGGACAUCUGAAACA -22
Get sequence
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| Star sequence | Sto-Novel-2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UUCACAGAUGACUUCCUGAAGC -60
Get sequence
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