| MirGeneDB ID | Tca-Mir-11624-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-11624 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tca-mir-11624a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tca-Mir-11624-P1b Tca-Mir-11624-P2 Tca-Mir-11624-P3 Tca-Mir-11624-P4 Tca-Mir-11624-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tcas5.2) |
LG5: 505653-505713 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-11624-P1a) |
Mir-11624-P2
LG5: 505254-505313 [+]
Ensembl
Mir-11624-P1a LG5: 505653-505713 [+] Ensembl |
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| Seed | GAUAUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAGUUUUAAAUUAUAAUAGAUUGGUGUAAAAUUGAGACUUUAACAUUUUCAUGCAAUUUAUAUCAACAUGAUAUGCUAGAGUGUCGGUUCUACAACUAUCACAAAUCAAUCUUCGAACUAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UAGUUUUAAAUUAUAAUA---| UGG A G A UU CAAUUU GAU UGUA AAUUGA ACUUUA CAU UCAUG \ CUA ACAU UUGGCU UGAGAU GUA AGUAC A AAUCAAGCUUCUAACUAAACA^ UCA C G C U- AACUAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tca-Mir-11624-P1a_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0045523 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUUGAGACUUUAACAUUUUCAUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Tca-Mir-11624-P1a_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0045524 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGAUAUGCUAGAGUGUCGGUUCU -61
Get sequence
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