| MirGeneDB ID | Tca-Mir-11626 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-11626 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tca-mir-11626a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tcas5.2) |
LG6: 273389-273446 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-11626) |
Mir-3851-P2
LG6: 272921-272978 [-]
Ensembl
Mir-3851-P3 LG6: 273025-273083 [-] Ensembl Mir-11626 LG6: 273389-273446 [-] Ensembl |
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| Seed | GGCAUGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAUUUUCGUCAAGAUUUUGGUUUUGUUUGUUGGCAUGAUUGAUUUAGCUCAUGUUGAAUUGGUUCAUGAGUUGAUCAAGUAGGCCGAGAAACGGAGCCACCUCCGAAUUUUGUGUUUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAUUUUCGUCAAGAUUU--| G AUGA U UUGAA UGGUUUUGUUU UUGGC UUGAUU AGCUCAUG \ ACCGAGGCAAA AGCCG AACUAG UUGAGUAC U UUUUGUGUUUUAAGCCUCC^ G GAUG - UUGGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Tca-Mir-11626_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0045540 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGCAUGAUUGAUUUAGCUCAUG -23
Get sequence
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| Co-mature sequence | Tca-Mir-11626_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0045541 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UGAGUUGAUCAAGUAGGCCGAG -58
Get sequence
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