| MirGeneDB ID | Tca-Mir-3862 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-3862 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tca-mir-3862 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tcas5.2) |
LG9: 14275678-14275733 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-3862) |
Mir-3862
LG9: 14275678-14275733 [+]
Ensembl
Mir-3863 LG9: 14275784-14275842 [+] Ensembl |
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| Seed | GGGCAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGUCUAAUUAGUGCAAGGUUGCUCGAAAUUGGGCAAAAGUCCGCCUGAACAUUUUUCUAAUUGUUCAGGCGCUCUUUUGCAUGACUUUGGCCAACCACAACCAGCAGUGCUAGUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAGUCUAAUUAGUGCAA--| CU A GG UC UUUU GGUUG CGAA UU GCAAAAG CGCCUGAACA U CCAAC GUUU AG CGUUUUC GCGGACUUGU C UUGAUCGUGACGACCAACA^ CG C UA UC UAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Tca-Mir-3862_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0018800 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGGCAAAAGUCCGCCUGAACA -22
Get sequence
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| Star sequence | Tca-Mir-3862_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0018801 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- UUCAGGCGCUCUUUUGCAUGAC -56
Get sequence
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