| MirGeneDB ID | Tca-Mir-67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-67 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tca-mir-307 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-67-v1 Aga-Mir-67-v1 Agr-Mir-67-v1 Asu-Mir-67 Bge-Mir-67 Cbr-Mir-67 Cel-Mir-67 Cte-Mir-67 Dan-Mir-67-v1 Dgr-Mir-67 Dma-Mir-67 Dme-Mir-67-v1 Dmo-Mir-67-v1 Dpu-Mir-67 Dsi-Mir-67-v1 Dya-Mir-67-v1 Eba-Mir-67-v1 Egr-Mir-67 Gsa-Mir-67 Hme-Mir-67-v1 Hru-Mir-67 Isc-Mir-67 Lan-Mir-67 Lgi-Mir-67 Mom-Mir-67-v1 Npo-Mir-67 Obi-Mir-67 Ofu-Mir-67 Ovu-Mir-67 Pau-Mir-67 Pca-Mir-67 Pcr-Mir-67-v1 Pdu-Mir-67 Pve-Mir-67-v1 Rph-Mir-67-v1 Sma-Mir-67 Sme-Mir-67 Snu-Mir-67 Tur-Mir-67 War-Mir-67-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tcas5.2) |
LG8: 13556470-13556530 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-67-v1) |
Mir-67-v1
LG8: 13556470-13556530 [+]
Ensembl
Mir-67-v2 LG8: 13556470-13556530 [+] Ensembl Mir-67-v3 LG8: 13556470-13556530 [+] Ensembl |
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| Variant | Tca-Mir-67-v1 |
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| Seed | CACAACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGUGAAAUGAAGCCACUAUCUAUCUCGGUGACUCACUCAACCUGGGUGUGAUGUGUUUGCUGUACCAUCACAACCUCCUUGAGUGAGCGACCGGGUGGAUAUCACCGACAUUUUUACACCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGUGAAAUGAAGCCACU----| U GA CCU G UGUUU AUCUAUC CGGU CUCACUCAA GG UGUGAUG G UAGGUGG GCCA GAGUGAGUU CC ACACUAC C ACCACAUUUUUACAGCCACUA^ - GC CCU A CAUGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tca-Mir-67-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0019129 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUCACUCAACCUGGGUGUGAUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Tca-Mir-67-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0008389 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UCACAACCUCCUUGAGUGAGCGAC -61
Get sequence
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| Variant | Tca-Mir-67-v2 |
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| Seed | ACAACCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGUGAAAUGAAGCCACUAUCUAUCUCGGUGACUCACUCAACCUGGGUGUGAUGUGUUUGCUGUACCAUCACAACCUCCUUGAGUGAGCGACCGGGUGGAUAUCACCGACAUUUUUACACCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGUGAAAUGAAGCCACU----| U GA CCU G GUGUUU AUCUAUC CGGU CUCACUCAA GG UGUGAU G UAGGUGG GCCA GAGUGAGUU CC ACACUA C ACCACAUUUUUACAGCCACUA^ - GC CCU A CCAUGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tca-Mir-67-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0019129 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUCACUCAACCUGGGUGUGAU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Tca-Mir-67-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0008389 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CACAACCUCCUUGAGUGAGCGAC -61
Get sequence
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| Variant | Tca-Mir-67-v3 |
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| Seed | CAACCUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGUGAAAUGAAGCCACUAUCUAUCUCGGUGACUCACUCAACCUGGGUGUGAUGUGUUUGCUGUACCAUCACAACCUCCUUGAGUGAGCGACCGGGUGGAUAUCACCGACAUUUUUACACCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGUGAAAUGAAGCCACU----| U GA CCU G UGUGUUU AUCUAUC CGGU CUCACUCAA GG UGUGA G UAGGUGG GCCA GAGUGAGUU CC ACACU C ACCACAUUUUUACAGCCACUA^ - GC CCU A ACCAUGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tca-Mir-67-v3_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0019129 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUCACUCAACCUGGGUGUGA -21
Get sequence
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| Mature sequence | Tca-Mir-67-v3_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0008389 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- ACAACCUCCUUGAGUGAGCGAC -61
Get sequence
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