| MirGeneDB ID | Tgu-Mir-203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-203 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebra finch (Taeniopygia guttata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tgu-mir-203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tgu-Mir-203-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Lch-Mir-203 Spt-Mir-203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (TaeGut1_add) |
5: 52283965-52284024 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-203-v2) |
Mir-203-v1
5: 52283965-52284024 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-203-v2 5: 52283965-52284024 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Tgu-Mir-203-v2 |
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| Seed | GAAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUCCCCGCGGACCCUCAGCCUCCUUGGUGCAGUGGUUCUUAACAGUUCAACAGUUCUCUAGCAUAAUUGUGAAAUGUUUAGGACCACUUGACCAGCGAGGCCCGGGCAUCGGCCGGCAGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUCCCCGCGGACCCUCA--| C GC U G A GUUCUCU GCCUC UUGGU AGUGGUUCU AACA UUCA CA \ CGGAG GACCA UCACCAGGA UUGU AAGU GU A CGACGGCCGGCUACGGGCC^ C GU U A - UAAUACG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tgu-Mir-203-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0027022 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGGUUCUUAACAGUUCAACA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Tgu-Mir-203-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0014605 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGAAAUGUUUAGGACCACUUG -60
Get sequence
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| Variant | Tgu-Mir-203-v1 |
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| Seed | UGAAAUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUCCCCGCGGACCCUCAGCCUCCUUGGUGCAGUGGUUCUUAACAGUUCAACAGUUCUCUAGCAUAAUUGUGAAAUGUUUAGGACCACUUGACCAGCGAGGCCCGGGCAUCGGCCGGCAGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUCCCCGCGGACCCUCA--| C GC U G A UUCUCU GCCUC UUGGU AGUGGUUCU AACA UUCA CAG \ CGGAG GACCA UCACCAGGA UUGU AAGU GUU A CGACGGCCGGCUACGGGCC^ C GU U A - AAUACG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tgu-Mir-203-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0027022 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGGUUCUUAACAGUUCAACAG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Tgu-Mir-203-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0014605 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GUGAAAUGUUUAGGACCACUUG -60
Get sequence
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