| MirGeneDB ID | Tgu-Mir-2987 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2987 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebra finch (Taeniopygia guttata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tgu-mir-2987 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | T. guttata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | T. guttata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (TaeGut1_add) |
12: 19651218-19651275 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2987) |
Mir-2987
12: 19651218-19651275 [-]
UCSC
Ensembl
Let-7-P2c1 12: 19654532-19654606 [-] UCSC Ensembl Let-7-P2b1 12: 19655525-19655601 [-] UCSC Ensembl Let-7-P2a1 12: 19655935-19656006 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | GAGCAAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGGUACAAAACUCUGAACUUAGGCCGAAAGAGCAGCCAGAGCCUUCCCUCAAUGUCUGUUUUACAGAGAGCAAGGCUGAGGCUGUUCUCAGAGCCUGAUCGAAUUCCUGGUGGGUUCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGGUACAAAACUCUGAAC-- CGAA AG CC-| AAUGUCU UUAGGC AGAGCAGCC AGCCUU CUC \ AGUCCG UCUUGUCGG UCGGAA GAG G UCUUGGGUGGUCCUUAAGCU AGAC AG CGA^ ACAUUUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tgu-Mir-2987_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0026971 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCAGCCAGAGCCUUCCCUCA -21
Get sequence
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| Mature sequence | Tgu-Mir-2987_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0014497 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AGAGCAAGGCUGAGGCUGUUCU -58
Get sequence
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