| MirGeneDB ID | Tni-Mir-203-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-203 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tni-mir-203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dre-Mir-203-P2-v1 Gmo-Mir-203-P2-v1 Lch-Mir-203 Mal-Mir-203-P2-v1 Pma-Mir-203-o2-v1 Spt-Mir-203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
Un_random: 105176090-105176149 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-203-P2-v1) |
Mir-203-P2-v2
Un_random: 105176089-105176150 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-203-P2-v1 Un_random: 105176090-105176149 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Tni-Mir-203-P2-v1 |
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| Seed | UGAAAUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGAGACGAAAGAGUGAGGUCUCUCUGAUUAAGUGGUUCUCAACAGUUCAACAGUUCUUUGAGAAAAUUGUGAAAUGUUUAGGACCACUUGACCAGUCAGACAAAUGCUGUCGACUUGGGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGAGACGAAAGAGUGAG--| CU A C G A GUUCUUU GUCU CUG UUAAGUGGUUCU AACA UUCA CA \ CAGA GAC AGUUCACCAGGA UUGU AAGU GU G GGGGUUCAGCUGUCGUAAA^ CU C U A - UAAAAGA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tni-Mir-203-P2-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGGUUCUCAACAGUUCAACA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Tni-Mir-203-P2-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0003076 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GUGAAAUGUUUAGGACCACUUG -60
Get sequence
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| Variant | Tni-Mir-203-P2-v2 |
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| Seed | GAAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGAGACGAAAGAGUGAGGUCUCUCUGAUUAAGUGGUUCUCAACAGUUCAACAGUUCUUUGAGAAAAUUGUGAAAUGUUUAGGACCACUUGACCAGUCAGACAAAUGCUGUCGACUUGGGGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAGAGACGAAAGAGUGAG--| CU A C G A GUUCUUU GUCU CUG UUAAGUGGUUCU AACA UUCA CA \ CAGA GAC AGUUCACCAGGA UUGU AAGU GU G AGGGGUUCAGCUGUCGUAAA^ CU C U A - UAAAAGA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tni-Mir-203-P2-v2_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAGUGGUUCUCAACAGUUCAACA -23
Get sequence
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| Mature sequence | Tni-Mir-203-P2-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0003076 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UGAAAUGUUUAGGACCACUUGA -62
Get sequence
|
