| MirGeneDB ID | Tni-Mir-722-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-722 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tni-Mir-722-P1-v1 Tni-Mir-722-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dre-Mir-722-P1-v1 Gmo-Mir-722-P1-v1 Lch-Mir-722 Mal-Mir-722-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
3: 11284670-11284734 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-722-P1-v2) |
Mir-722-P1-v1
3: 11284670-11284734 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-722-P1-v2 3: 11284670-11284734 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Tni-Mir-722-P1-v2 |
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| Seed | UUGCAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCCCGGCAAAAGAAAAAGAAUGGAAUGGAAUUUGAAACGUUUUAGCCAAAAAUGUUUCCACGUUCAAGGUGUUUUUUGCAGAAACGUUUCAGAUUUCGUUCCGUUCUCCAGCUUCAGACGAGCUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCCCGGCAAAAGAAAAA--| A C AUGUUUCCAC GAAUGGAAUGGAAUUUGAAACGUUUU GC AAAA \ CUUGCCUUGCUUUAGACUUUGCAAAG CG UUUU G CUCGAGCAGACUUCGACCU^ A U UGUGGAACUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tni-Mir-722-P1-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUUGAAACGUUUUAGCCAAAA -21
Get sequence
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| Mature sequence | Tni-Mir-722-P1-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- UUUGCAGAAACGUUUCAGAUU -65
Get sequence
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| Variant | Tni-Mir-722-P1-v1 |
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| Seed | UUUGCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCCCGGCAAAAGAAAAAGAAUGGAAUGGAAUUUGAAACGUUUUAGCCAAAAAUGUUUCCACGUUCAAGGUGUUUUUUGCAGAAACGUUUCAGAUUUCGUUCCGUUCUCCAGCUUCAGACGAGCUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCCCGGCAAAAGAAAAA--| A C UGUUUCCAC GAAUGGAAUGGAAUUUGAAACGUUUU GC AAAAA \ CUUGCCUUGCUUUAGACUUUGCAAAG CG UUUUU G CUCGAGCAGACUUCGACCU^ A U GUGGAACUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tni-Mir-722-P1-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUUGAAACGUUUUAGCCAAAAA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Tni-Mir-722-P1-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- UUUUGCAGAAACGUUUCAGAUU -65
Get sequence
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