| MirGeneDB ID | Tur-Mir-10-P1z | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-10 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Two-spotted spider mite (Tetranychus urticae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tur-mir-10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tur-Mir-10-P1y Tur-Mir-10-P2 Tur-Mir-10-P4u Tur-Mir-10-P4v Tur-Mir-10-P4w | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-10-P1-v1 Adi-Mir-10 Aga-Mir-10-P1-v1 Agr-Mir-10-P1 Asp-Mir-10 Asu-Mir-10-P1 Bfl-Mir-10-P1-v1 Bge-Mir-10-P1-v1 Bla-Mir-10-P1-v1 Cbr-Mir-10-P1 Cel-Mir-10-P1 Cte-Mir-10-P1 Dan-Mir-10-P1 Dgr-Mir-10-P1 Dlo-Mir-10-P1-v1 Dma-Mir-10-P1-v1 Dme-Mir-10-P1 Dmo-Mir-10-P1 Dpu-Mir-10-P1-v1 Dsi-Mir-10-P1 Dya-Mir-10-P1 Eba-Mir-10-P1 Efe-Mir-10-P1 Egr-Mir-10-P1 Gpa-Mir-10-P1 Gsp-Mir-10-P1 Hme-Mir-10-P1-v1 Hru-Mir-10-P1 Isc-Mir-10-P1-v1 Lgi-Mir-10-P1 Lhy-Mir-10-P1 Llo-Mir-10-P1 Mgi-Mir-10-P1 Mom-Mir-10-P1 Npo-Mir-10-P1 Nve-Mir-10 Ofu-Mir-10-P1 Pau-Mir-10-P1 Pca-Mir-10-P1 Pdu-Mir-10-P1 Pfl-Mir-10-P1 Pmi-Mir-10-P1 Pve-Mir-10-P1 Rph-Mir-10-P1 Sko-Mir-10-P1 Sma-Mir-10-P1 Snu-Mir-10-P1 Spu-Mir-10-P1 Tca-Mir-10-P1-v1 War-Mir-10-P1 Xbo-Mir-10-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | T. urticae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eumetazoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000239435.1_ASM23943v1_genomic_TUR_traces) |
HE587320.1: 1111621-1111681 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-10-P1z-v1) |
Mir-10-P1z-v2
HE587320.1: 1111620-1111682 [+]
Ensembl
Mir-10-P1z-v1 HE587320.1: 1111621-1111681 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Tur-Mir-10-P1z-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CCCUGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGUGUUUGACCAACUAUUGCUCUACAUUCACCCUGUAGAUCCGAAUUUGUCAGAAAAUUGAUUUGCCACGAAUUCGGCUCUAGAGAGGUUUGUGUGGUGCAUAUCAUGCAUCAUCUACUCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GUGUGUUUGACCAACUAU- U UC -| G U CAGAAAAU UGC CUACAU ACC CU UAGA CCGAAUUUGU \ ACG GGUGUG UGG GA AUCU GGCUUAAGCA U CUCAUCUACUACGUACUAU U UU A^ G C CCGUUUAG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Tur-Mir-10-P1z-v1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0023026 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCCUGUAGAUCCGAAUUUGU -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Tur-Mir-10-P1z-v1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0023027 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- GAAUUCGGCUCUAGAGAGGUU -61
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Tur-Mir-10-P1z-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACCCUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGUGUGUUUGACCAACUAUUGCUCUACAUUCACCCUGUAGAUCCGAAUUUGUCAGAAAAUUGAUUUGCCACGAAUUCGGCUCUAGAGAGGUUUGUGUGGUGCAUAUCAUGCAUCAUCUACUCCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGUGUGUUUGACCAACUAU- U UC -| G U CAGAAAAU UGC CUACAU ACC CU UAGA CCGAAUUUGU \ ACG GGUGUG UGG GA AUCU GGCUUAAGCA U CCUCAUCUACUACGUACUAU U UU A^ G C CCGUUUAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Tur-Mir-10-P1z-v2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0023026 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CACCCUGUAGAUCCGAAUUUGU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Tur-Mir-10-P1z-v2_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0023027 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- GAAUUCGGCUCUAGAGAGGUUU -63
Get sequence
|
