| MirGeneDB ID | Tur-Mir-87-o40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-87 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Two-spotted spider mite (Tetranychus urticae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tur-Mir-87-o38 Tur-Mir-87-o39 Tur-Mir-87-o41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Gsp-Mir-87 Sne-Mir-87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | T. urticae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000239435.1_ASM23943v1_genomic_TUR_traces) |
HE587301.1: 4415090-4415158 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-87-o40) |
Mir-87-o41
HE587301.1: 4414906-4414965 [-]
Ensembl
Mir-87-o40 HE587301.1: 4415090-4415158 [-] Ensembl Mir-87-o39 HE587301.1: 4415225-4415289 [-] Ensembl Mir-87-o38 HE587301.1: 4415425-4415497 [-] Ensembl |
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| Seed | UGAGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAUUCUUUCAAUUUUAAAUGGUCAUCAUACCCGCCUGAACUAUUGUCUCUCUGUACCUCUGUAGGUUUAUUAUGAAGGUGAGCAAAGUUUCAGGUGUGCUUGAACCAUUUAUACCAGCAUCAUUUGAGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAUUCUUUCAAUUUUAA----| CA UACC - A U - GUACCUCUGUA AUGGU UCA CGCCUGAA CU UUG CUC UCU \ UACCA AGU GUGGACUU GA AAC GAG GGA G GGAGUUUACUACGACCAUAUU^ -- UCGU U - - U AGUAUUAUUUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tur-Mir-87-o40_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCGCCUGAACUAUUGUCUCUCUGUACC -27
Get sequence
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| Mature sequence | Tur-Mir-87-o40_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
47- GUGAGCAAAGUUUCAGGUGUGC -69
Get sequence
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