| MirGeneDB ID | Xbo-Novel-10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | XBO-NOVEL-10 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Xenoturbella (Xenoturbella bocki) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. bocki | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | X. bocki | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (genome.xe) |
scaffold9008: 686-745 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-10) |
Mir-103
scaffold9008: 359-418 [+]
UCSC
Ensembl
Novel-10 scaffold9008: 686-745 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CAGCAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUAGGGGUGAGGUGUGUACAUGGUAUGUUGUCAGCAUUACAUUUGGUUGCAUGUAAUGGCAGAGAGAUGGAGCCAUAUGUAGGGCUGACAGCAUGCCAUGCUCAGUCAACAGGGAUCGCCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UUAGGGGUGAGGUGUGUA--| A U G GUAAUG CAUGGUAUGUUGUCAGC UUACAU UGGUU CAU G GUACCGUACGACAGUCG GAUGUA ACCGA GUA C CCGCUAGGGACAACUGACUC^ G U G GAGAGA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Xbo-Novel-10_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCAGCAUUACAUUUGGUUGCAU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Co-mature sequence | Xbo-Novel-10_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GGAGCCAUAUGUAGGGCUGACA -60
Get sequence
|
