| MirGeneDB ID | Xla-Mir-12478-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12478 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-12478-P1 Xla-Mir-12478-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Xtr-Mir-12478 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Xenopus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030741.1: 85525647-85525703 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12478-P2-v2) |
Mir-12478-P2-v1
NC_030741.1: 85525647-85525703 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-12478-P2-v2 NC_030741.1: 85525647-85525703 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Xla-Mir-12478-P2-v2 |
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| Seed | GCUGGAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CACACAGAAGUUAAUAAUUAACUCCUUCGCUGCUGGAGUGGACAUCAAUGCAUUAUUUUGCAAGGCGUUGUAGGCCUCUCCAGCACUGAAUGGGUUAAACUACCCUGAUCACCAUGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CACACAGAAGUUAAUAA--| C C U ACAU AUUAUU UUAACUC UUCG UGCUGGAG GG CAAUGC \ AAUUGGG AAGU ACGACCUC CC GUUGCG U UGUACCACUAGUCCCAUCA^ U C U GGAU GAACGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xla-Mir-12478-P2-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCUGGAGUGGACAUCAAUGC -21
Get sequence
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| Co-mature sequence | Xla-Mir-12478-P2-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- GUUGUAGGCCUCUCCAGCACU -57
Get sequence
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| Variant | Xla-Mir-12478-P2-v1 |
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| Seed | GCUGGAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CACACAGAAGUUAAUAAUUAACUCCUUCGCUGCUGGAGUGGACAUCAAUGCAUUAUUUUGCAAGGCGUUGUAGGCCUCUCCAGCACUGAAUGGGUUAAACUACCCUGAUCACCAUGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CACACAGAAGUUAAUAA--| C C U ACAU AUUAUU UUAACUC UUCG UGCUGGAG GG CAAUGC \ AAUUGGG AAGU ACGACCUC CC GUUGCG U UGUACCACUAGUCCCAUCA^ U C U GGAU GAACGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xla-Mir-12478-P2-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCUGGAGUGGACAUCAAUGCA -22
Get sequence
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| Star sequence | Xla-Mir-12478-P2-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- CGUUGUAGGCCUCUCCAGCACU -57
Get sequence
|
