| MirGeneDB ID | Xla-Mir-128-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-128 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-128-P1a Xla-Mir-128-P2c Xla-Mir-128-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-128-P1 Ami-Mir-128-P1 Bta-Mir-128-P1 Cfa-Mir-128-P1 Cja-Mir-128-P1 Cli-Mir-128-P1 Cmi-Mir-128-P1 Cpi-Mir-128-P1 Cpo-Mir-128-P1 Dno-Mir-128-P1 Dre-Mir-128-P1 Ebu-Mir-128 Eca-Mir-128-P1 Ete-Mir-128-P1 Gga-Mir-128-P1 Gja-Mir-128-P1 Gmo-Mir-128-P1 Hsa-Mir-128-P1 Laf-Mir-128-P1 Lch-Mir-128-P1 Loc-Mir-128-P1 Mal-Mir-128-P1 Mdo-Mir-128-P1 Mml-Mir-128-P1 Mmr-Mir-128-P1 Mmu-Mir-128-P1 Mun-Mir-128-P1 Neu-Mir-128-P1 Oan-Mir-128-P1 Ocu-Mir-128-P1 Pab-Mir-128-P1 Pbv-Mir-128-P1 Pma-Mir-128-o1 Rno-Mir-128-P1 Sha-Mir-128-P1 Spt-Mir-128-P1 Sto-Mir-128-P1 Tgu-Mir-128-P1 Tni-Mir-128-P1 Xtr-Mir-128-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030735.1: 55536815-55536872 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CACAGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGUAAUAAUAAUUUAUUGUGCAGCUGGAAUGGGGGCUGUUUCACUGUAAGAGAGUGAGUAGUAGGUCUCACAGUGAACCGGUCUCUUUUCUUACUGUAGCAAGUCACUUCAGAAAAGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGUAAUAAUAAUUUAUUG--| CU U U AA GUGAG UGCAG GGAA GGGGGCUG UUCACUGU GAGA U AUGUC UCUU UCUCUGGC AAGUGACA CUCU A AGAAAAGACUUCACUGAACG^ AU U C -- GGAUG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xla-Mir-128-P1b_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGGGGCUGUUUCACUGUAAGAGA -23
Get sequence
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| Mature sequence | Xla-Mir-128-P1b_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UCACAGUGAACCGGUCUCUUU -58
Get sequence
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