| MirGeneDB ID | Xla-Mir-430-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-430-o4a Xla-Mir-430-o4b Xla-Mir-430-o5o1 Xla-Mir-430-o5o2 Xla-Mir-430-o5p1 Xla-Mir-430-o5p2 Xla-Mir-430-o5q1 Xla-Mir-430-o5q2 Xla-Mir-430-o5r Xla-Mir-430-o5s Xla-Mir-430-o6a Xla-Mir-430-o6b Xla-Mir-430-o7a Xla-Mir-430-o7b Xla-Mir-430-o8a Xla-Mir-430-o8b Xla-Mir-430-o9 Xla-Mir-430-P1a Xla-Mir-430-P3a Xla-Mir-430-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-430-P1 Ami-Mir-430-P1 Bta-Mir-430-P1 Cfa-Mir-430-P1 Cja-Mir-430-P1 Cli-Mir-430-P1 Cmi-Mir-430-P1 Cpi-Mir-430-P1 Cpo-Mir-430-P1 Dno-Mir-430-P1 Dre-Mir-430-o1b1 Dre-Mir-430-o1b2 Dre-Mir-430-o1b3 Dre-Mir-430-o1b4 Dre-Mir-430-o1b5 Dre-Mir-430-o1b6 Dre-Mir-430-o1b7 Dre-Mir-430-o1b8 Eca-Mir-430-P1 Ete-Mir-430-P1 Gga-Mir-430-P1 Hsa-Mir-430-P1 Laf-Mir-430-P1 Mdo-Mir-430-P1 Mml-Mir-430-P1 Mmr-Mir-430-P1 Mmu-Mir-430-P1 Mun-Mir-430-P1 Neu-Mir-430-P1 Oan-Mir-430-P1 Ocu-Mir-430-P1 Pab-Mir-430-P1 Rno-Mir-430-P1 Sha-Mir-430-P1 Spt-Mir-430-P1 Sto-Mir-430-P1 Tgu-Mir-430-P1 Xtr-Mir-430-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030725.1: 56777057-56777118 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-P1b) |
Mir-92-P2a
NC_030725.1: 56776761-56776821 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-430-o4b NC_030725.1: 56776920-56776977 [-] UCSC Ensembl Mir-430-P1b NC_030725.1: 56777057-56777118 [-] UCSC Ensembl Mir-430-P3b NC_030725.1: 56777932-56777991 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | CUUUAAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAUGGAAUGGAAAAGGAAGAAUCCCCCACUACUUUAACAUCGGUGUACUUUCUGUGUCUUUAAAAAGAGUAAGUGCUCCAAUGUUUUAGUGUUGGGGAGUCCUUAAUGUAACUUCAAAGUACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAUGGAAUGGAAAAGGAA---| A C U UU C U U GUGUCU GA UCCCC AC ACU AACAU GG GUACUU CU U CU AGGGG UG UGA UUGUA CC CGUGAA GA U CAUGAAACUUCAAUGUAAUUC^ G U - UU A U U GAAAAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xla-Mir-430-P1b_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUUUAACAUCGGUGUACUUUCU -23
Get sequence
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| Star sequence | Xla-Mir-430-P1b_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UAAGUGCUCCAAUGUUUUAGUGU -62
Get sequence
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