| MirGeneDB ID | Xtr-Mir-7147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-7147 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cpi-Mir-7147 Dre-Mir-7147 Lch-Mir-7147 Loc-Mir-7147 Mal-Mir-7147 Tni-Mir-7147 Xla-Mir-7147-P1 Xla-Mir-7147-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
chr6: 128084324-128084382 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GUACCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGGGAUUUCUGUCUUGGAGCUGUCAGUGCUGUACCAUGCUGGUAGCCAGUGUAAUGAAAGUUGCUCCUGGCAACCAGUGUUGUGCCACCCUGGCUGCUCAGUGUGUAUGCCUCUUGGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGGGGAUUUCUGUCUUG--| U UGCU C A UGUAAUGA GAGC GUCAG GUAC AUGCUGGU GCCAG \ CUCG CGGUC CGUG UGUGACCA CGGUC A UGGUUCUCCGUAUGUGUGA^ U CCAC U A CUCGUUGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xtr-Mir-7147_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUACCAUGCUGGUAGCCAGUG -22
Get sequence
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| Star sequence | Xtr-Mir-7147_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CUGGCAACCAGUGUUGUGCCAC -59
Get sequence
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