| MirGeneDB ID | Aca-Mir-217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-217 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | aca-mir-217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Aca-Mir-217-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bfl-Mir-217 Bla-Mir-217 Cmi-Mir-217 Gmo-Mir-217 Laf-Mir-217 Lch-Mir-217 Loc-Mir-217 Mal-Mir-217 Mdo-Mir-217 Mmr-Mir-217 Spt-Mir-217 Tni-Mir-217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (anoCar2) |
1: 256233879-256233939 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-217-v2) |
Mir-217-v2
1: 256233879-256233939 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-217-v1 1: 256233880-256233938 [-] UCSC Ensembl Mir-216-P2b 1: 256236305-256236366 [-] UCSC Ensembl Mir-216-P2a 1: 256248887-256248949 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Aca-Mir-217-v2 |
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| Seed | UACUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGUAGCCUUCAGAGCUUUUGAUGUCGCAGAUACUGCAUCAGGAACUGAUUGGGGAAUAAUCAUGUACCAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCUUCAGCAUCUAAACAAACAUCAAUUAUGUUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUGUAGCCUUCAGAGCUUUU--| CGC A C C U GGAAUA GAUGU AG UA UGCAU AGGAACUGAU GG A CUACG UC GU ACGUA UCCUUGACUA CC U CUUGUAUUAACUACAAACAAAU^ ACU C U A - AUGUAC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Aca-Mir-217-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0021878 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUACUGCAUCAGGAACUGAUUGG -23
Get sequence
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| Star sequence | Aca-Mir-217-v2_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0021879 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCU -61
Get sequence
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| Variant | Aca-Mir-217-v1 |
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| Seed | ACUGCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGUAGCCUUCAGAGCUUUUGAUGUCGCAGAUACUGCAUCAGGAACUGAUUGGGGAAUAAUCAUGUACCAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCUUCAGCAUCUAAACAAACAUCAAUUAUGUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGUAGCCUUCAGAGCUUUU--| CGC A C C U GGAAUA GAUGU AG UA UGCAU AGGAACUGAU GG A CUACG UC GU ACGUA UCCUUGACUA CC U UUGUAUUAACUACAAACAAAU^ ACU C U A - AUGUAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Aca-Mir-217-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0021878 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACUGCAUCAGGAACUGAUUGGG -23
Get sequence
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| Star sequence | Aca-Mir-217-v1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0021879 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCC -59
Get sequence
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