| MirGeneDB ID | Tni-Mir-217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-217 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tni-mir-217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-217-v1 Ami-Mir-217-v1 Bfl-Mir-217 Bla-Mir-217 Bta-Mir-217-v1 Cfa-Mir-217-v1 Cja-Mir-217-v1 Cli-Mir-217-v1 Cmi-Mir-217 Cpi-Mir-217-v1 Cpo-Mir-217-v1 Dno-Mir-217-v1 Dre-Mir-217-v1 Ebu-Mir-217-P1-v1 Ebu-Mir-217-P2-v1 Eca-Mir-217-v1 Ete-Mir-217-v1 Gga-Mir-217-v1 Gja-Mir-217-v1 Gmo-Mir-217 Hsa-Mir-217-v1 Laf-Mir-217 Lch-Mir-217 Loc-Mir-217 Mal-Mir-217 Mdo-Mir-217 Mml-Mir-217-v1 Mmr-Mir-217 Mmu-Mir-217-v1 Mun-Mir-217-v1 Neu-Mir-217-v1 Oan-Mir-217-v1 Ocu-Mir-217-v1 Pab-Mir-217-v1 Pbv-Mir-217-v1 Pma-Mir-217-P1 Pma-Mir-217-P2-v1 Rno-Mir-217-v1 Sha-Mir-217-v1 Spt-Mir-217 Sto-Mir-217-v1 Tgu-Mir-217-v1 Xla-Mir-217-P3-v1 Xla-Mir-217-P4-v1 Xtr-Mir-217-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
17: 5748319-5748377 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-217) |
Mir-216-P2a
17: 5747094-5747154 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-216-P2b 17: 5747764-5747826 [+] UCSC Ensembl Mir-217 17: 5748319-5748377 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | ACUGCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUCGAUAAAGAACCUUCUUGAUGUGGAUGAUACUGCAUCAGGAACUGAUUGGCUGAUGCUUAGUACCCAACAGUACCUGAUGCAUUGCCUUCAGCAUUGAAAGAAACGUCACAAAGCUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AUCGAUAAAGAACCUUC--|UG G UGA C A A CUGAUG U AUGU GA UA UGCAUCAGG ACUG UUGG C A UACG CU GU ACGUAGUCC UGAC AACC U CUCGAAACACUGCAAAGAA^GU A UCC U A - CAUGAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Tni-Mir-217_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0002972 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACUGCAUCAGGAACUGAUUGGC -23
Get sequence
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| Star sequence | Tni-Mir-217_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CAACAGUACCUGAUGCAUUGCC -59
Get sequence
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