| MirGeneDB ID | Aca-Mir-5407 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-5407 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | aca-mir-5407 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | A. carolinensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | A. carolinensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (anoCar2) |
GL343282.1: 1475314-1475373 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-5407) |
Mir-5452
GL343282.1: 1468406-1468464 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-5408 GL343282.1: 1472528-1472585 [-] UCSC Ensembl Mir-5406 GL343282.1: 1474914-1474970 [-] UCSC Ensembl Mir-5407 GL343282.1: 1475314-1475373 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | UUCGGAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGCCCGGGAUUCCUUUGGGACGGUUCUGUCUUUCGGAUUUUCAGUCACAGUUUCCUUUGUUCUGGCGUCUGUGUGGGAUAAUCCGAAAGAGAAACCCUUCCCUCUGCACCAAGCGUUUGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CGCCCGGGAUUCCUUUG-- C-| CUG U AGU UUUCCUUU GGA GGUU UCUUUCGGAUU UC CACAG G CCU CCAA AGAAAGCCUAA AG GUGUC U AGUUUGCGAACCACGUCUC UC^ AG- U GGU UGCGGUCU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Aca-Mir-5407_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0022022 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUUCGGAUUUUCAGUCACAGUUU -23
Get sequence
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| Star sequence | Aca-Mir-5407_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0022023 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UCUGUGUGGGAUAAUCCGAAAGA -60
Get sequence
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