| MirGeneDB ID | Aca-Mir-727 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-727 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | aca-mir-727 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cpi-Mir-727-v1 Spt-Mir-727 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (anoCar2) |
3: 28511685-28511750 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-727-v1) |
Mir-727-v1
3: 28511685-28511750 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-727-v2 3: 28511687-28511748 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Aca-Mir-727-v1 |
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| Seed | CAGUCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGUGGAACUUGAUUGCCCUGUAUGUCAUUUUCAGUCUUCAAUUCCUCCCAGCCCGUUAAAUGGAAAAGGUGAGUUGAGGCGAGUUGAAGACUAAAAAUGCUGUGCAGAUUCAAGGUAACUUUCCCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGUGGAACUUGAUUGCC--| U C CU - CCGUUAAAU CUGUAUG CAUUUU AGUCUUCAAUUC CC CAGC G GACGUGU GUAAAA UCAGAAGUUGAG GG GUUG G ACCCUUUCAAUGGAACUUA^ C A C- A AGUGGAAAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Aca-Mir-727-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0021987 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCAGUCUUCAAUUCCUCCCAGC -22
Get sequence
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| Star sequence | Aca-Mir-727-v1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0021988 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- UGAGGCGAGUUGAAGACUAAAA -66
Get sequence
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| Variant | Aca-Mir-727-v2 |
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| Seed | UUGAGGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGGAACUUGAUUGCCCUGUAUGUCAUUUUCAGUCUUCAAUUCCUCCCAGCCCGUUAAAUGGAAAAGGUGAGUUGAGGCGAGUUGAAGACUAAAAAUGCUGUGCAGAUUCAAGGUAACUUUCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGGAACUUGAUUGCCCU--| U C CU - CCGUUAAAU GUAUG CAUUUU AGUCUUCAAUUC CC CAGC G CGUGU GUAAAA UCAGAAGUUGAG GG GUUG G CCUUUCAAUGGAACUUAGA^ C A C- A AGUGGAAAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Aca-Mir-727-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0021987 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUCUUCAAUUCCUCCCAGCCC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Aca-Mir-727-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0021988 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- GUUGAGGCGAGUUGAAGACUAA -62
Get sequence
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