| MirGeneDB ID | Ami-Mir-144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-144 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ami-mir-144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-144-v1 Bta-Mir-144-v1 Cfa-Mir-144-v1 Cja-Mir-144-v1 Cli-Mir-144-v1 Cmi-Mir-144 Cpi-Mir-144 Cpo-Mir-144-v1 Dno-Mir-144 Dre-Mir-144-v1 Ebu-Mir-144-v1 Eca-Mir-144-v1 Ete-Mir-144 Gga-Mir-144 Gja-Mir-144-v1 Gmo-Mir-144-v1 Hsa-Mir-144-v1 Laf-Mir-144 Lch-Mir-144 Loc-Mir-144-v1 Mal-Mir-144-v1 Mdo-Mir-144 Mml-Mir-144 Mmr-Mir-144 Mmu-Mir-144-v1 Mun-Mir-144-v1 Neu-Mir-144-v1 Oan-Mir-144 Ocu-Mir-144-v1 Pab-Mir-144-v1 Pbv-Mir-144 Pma-Mir-144 Rno-Mir-144-v1 Sha-Mir-144 Spt-Mir-144 Sto-Mir-144 Tgu-Mir-144-v1 Tni-Mir-144 Xla-Mir-144-P1-v1 Xla-Mir-144-P2-v1 Xtr-Mir-144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017711222.1: 62858-62915 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-144) |
Mir-451
NW_017711222.1: 62629-62670 [-]
UCSC
Mir-144 NW_017711222.1: 62858-62915 [-] UCSC |
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| Seed | GAUAUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGCCCGGCGCGUGCGGGGGGCUCUGGGCAGGAUAUCAUCGUAUACUGUAAGUCGGCUAUGAGACACUACAGUAUAGAUGAUGUACUACCCCGGCCUUUCCCCUCCUCGGCGCCCAGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAGCCCGGCGCGUGCGG---| CU C G G A CGGCU GGGGCU GGG AG AUAUCAUC UAUACUGUA GU A UUCCGG CCC UC UGUAGUAG AUAUGACAU CA U CGACCCGCGGCUCCUCCCCU^ C- A A - - CAGAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut -1 on both arms that corresponds to the isomirs in other taxa where the 3p arm is highly expressed. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ami-Mir-144_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0038167 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGAUAUCAUCGUAUACUGUAAGU -23
Get sequence
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| Star sequence | Ami-Mir-144_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038168 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CUACAGUAUAGAUGAUGUACUA -58
Get sequence
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