| MirGeneDB ID | Ami-Mir-199-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-199 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ami-mir-199-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ami-Mir-199-P1-v1 Ami-Mir-199-P2-v1 Ami-Mir-199-P3-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-199-P2-v1 Bta-Mir-199-P2-v1 Cfa-Mir-199-P2-v1 Cja-Mir-199-P2-v1 Cli-Mir-199-P2-v1 Cmi-Mir-199-P2-v1 Cpi-Mir-199-P2-v1 Cpo-Mir-199-P2-v1 Dno-Mir-199-P2-v1 Dre-Mir-199-P2a-v1 Dre-Mir-199-P2b-v1 Eca-Mir-199-P2-v1 Ete-Mir-199-P2-v1 Gga-Mir-199-P2-v1 Gja-Mir-199-P2-v1 Gmo-Mir-199-P2a-v1 Hsa-Mir-199-P2-v1 Laf-Mir-199-P2-v1 Lch-Mir-199-P2 Loc-Mir-199-P2-v1 Mal-Mir-199-P2a-v1 Mdo-Mir-199-P2-v1 Mml-Mir-199-P2-v1 Mmr-Mir-199-P2-v1 Mmu-Mir-199-P2-v1 Oan-Mir-199-P2-v1 Ocu-Mir-199-P2-v1 Pab-Mir-199-P2-v1 Pbv-Mir-199-P2-v1 Pma-Mir-199-o2-v1 Rno-Mir-199-P2-v1 Sha-Mir-199-P2-v1 Spt-Mir-199-P2 Sto-Mir-199-P2-v1 Tgu-Mir-199-P2-v1 Tni-Mir-199-P2a-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017713629.1: 13712829-13712889 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-199-P2-v3) |
Mir-199-P2-v1
NW_017713629.1: 13712829-13712889 [+]
UCSC
Mir-199-P2-v2 NW_017713629.1: 13712829-13712889 [+] UCSC Mir-199-P2-v3 NW_017713629.1: 13712829-13712889 [+] UCSC |
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| Variant | Ami-Mir-199-P2-v3 |
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| Seed | AGUAGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAUCUGGACACAGAGGCUCCACUCCGUCUGCCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAGGACUACGAGAUUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGGCUGUGCUGGGAUACACCACACACACUGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAUCUGGACACAGAGGC- CUCC-| C U C UCAGGACU UCCA GUCUG CCAGUGU CAGACUAC UGU A GGGU CGGAU GGUUACA GUCUGAUG ACA C CGUCACACACACCACAUA CGUGU^ U C - UGUUAGAG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ami-Mir-199-P2-v3_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038216 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUU -22
Get sequence
|
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| Mature sequence | Ami-Mir-199-P2-v3_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0038217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -61
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Ami-Mir-199-P2-v1 |
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| Seed | CAGUAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAUCUGGACACAGAGGCUCCACUCCGUCUGCCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAGGACUACGAGAUUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGGCUGUGCUGGGAUACACCACACACACUGCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAUCUGGACACAGAGGC- CUCC-| C U C U AGGACU UCCA GUCUG CCAGUGU CAGACUAC UGU C A GGGU CGGAU GGUUACA GUCUGAUG ACA G C CGUCACACACACCACAUA CGUGU^ U C - U UUAGAG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Ami-Mir-199-P2-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038216 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUUC -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ami-Mir-199-P2-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0038217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- ACAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -61
Get sequence
|
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| Variant | Ami-Mir-199-P2-v2 |
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| Seed | ACAGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAUCUGGACACAGAGGCUCCACUCCGUCUGCCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAGGACUACGAGAUUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGGCUGUGCUGGGAUACACCACACACACUGCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAUCUGGACACAGAGGC- CUCC-| C U C U GGACU UCCA GUCUG CCAGUGU CAGACUAC UGU CA A GGGU CGGAU GGUUACA GUCUGAUG ACA GU C CGUCACACACACCACAUA CGUGU^ U C - U UAGAG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ami-Mir-199-P2-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038216 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCA -24
Get sequence
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ami-Mir-199-P2-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0038217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UACAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -61
Get sequence
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