| MirGeneDB ID | Ami-Mir-458 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-458 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ami-mir-458 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-458 Cli-Mir-458 Cli-Mir-458-as Cpi-Mir-458 Dre-Mir-458 Gga-Mir-458 Gga-Mir-458-as Gja-Mir-458 Gmo-Mir-458 Lch-Mir-458 Loc-Mir-458 Mal-Mir-458 Mun-Mir-458 Oan-Mir-458 Pbv-Mir-458 Spt-Mir-458 Tgu-Mir-458 Tni-Mir-458 Xla-Mir-458-P1 Xla-Mir-458-P2 Xtr-Mir-458 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017713851.1: 12830884-12830941 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAGCUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGAACCUCUGCAUGCAUGGUGCAGAUGGCAGCGCCAUUUUCAGAGCUAUAAACAGUAUCAUUGUCAUAGCUCUUUGAAUGGUACUGCCAUAUGUACUGGAAAAUCAGCAUUUAUACUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAGAACCUCUGCAUGCAU--| G CG UC AAACAGU GGUGCA AUGGCAG CCAUUU AGAGCUAU A UCAUGU UACCGUC GGUAAG UCUCGAUA U UCAUAUUUACGACUAAAAGG^ A AU UU CUGUUAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ami-Mir-458_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCGCCAUUUUCAGAGCUAUAA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Ami-Mir-458_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0038290 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AUAGCUCUUUGAAUGGUACUGC -58
Get sequence
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