| MirGeneDB ID | Asu-Mir-791 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-791 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Large roundworm (Ascaris suum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | asu-mir-791 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cbr-Mir-791 Cel-Mir-791 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Chromadorea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Chromadorea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ASU_PRJNA80881_plustraces) |
Scaffold287: 265477-265534 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-791) |
Mir-791
Scaffold287: 265477-265534 [-]
Mir-2-o8 Scaffold287: 267253-267310 [-] Mir-2-P11 Scaffold287: 267429-267487 [-] Mir-279-o24 Scaffold287: 267836-267891 [-] |
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| Seed | UGGUCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGUCAUCUACGGGAAUGCUUGUUGGGGUGCUGGUCUGCUCCGUGUCCAAAGUUAUGUAUAGUCACUUUGGCACUCUCCAGGCCUGCACACUACAGCCUUUAACAAUUUCUCCCUGUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GUGUCAUCUACGGGAAU----| U U G U CUCC U UAUGU GCU GU GG GUGC GGUCUG GUG CCAAAGU \ CGA CA UC CACG CCGGAC CAC GGUUUCA A CUGUCCCUCUUUAACAAUUUC^ - - A U CUCU - CUGAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Asu-Mir-791_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0021529 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUGGUCUGCUCCGUGUCCAAAGU -23
Get sequence
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| Co-mature sequence | Asu-Mir-791_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0021530 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UUUGGCACUCUCCAGGCCUGCA -58
Get sequence
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