| MirGeneDB ID | Bfl-Mir-4863 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-4863 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | bfl-mir-4863 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bla-Mir-4863 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049983.1: 20597426-20597487 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4863) |
Mir-2072
NC_049983.1: 20597094-20597149 [-]
UCSC
Mir-4863 NC_049983.1: 20597426-20597487 [-] UCSC |
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| Seed | GGGCCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUGUGACGAUGACACCUUGCCUGGUCAUGCAGACAACAUCAGAAUGUCCCUACGGGUUUGUGUAGUUAGUAGGGCCAUUUUGUGUUGUCAGCAGGACCAGUGCACUUCACUUCAAGGACCUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUGUGACGAUGACACCU- -| A A U U GGGUUUG UGC CUGGUC UGC GACAACA CAGAAUG CCCUAC \ ACG GACCAG ACG CUGUUGU GUUUUAC GGGAUG U UUCCAGGAACUUCACUUC U^ G A - C AUUGAUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Bfl-Mir-4863_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0020095 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGACAACAUCAGAAUGUCCCUAC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Bfl-Mir-4863_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0020096 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- AGGGCCAUUUUGUGUUGUCAGC -62
Get sequence
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