| MirGeneDB ID | Bla-Mir-135-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-135 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | European lancelet (Branchiostoma lanceolatum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bla-Mir-135-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bfl-Mir-135-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (BraLan2) |
Sc0000129: 104052-104110 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-135-P6) |
Mir-135-P5
Sc0000129: 103824-103881 [+]
Ensembl
Mir-135-P6 Sc0000129: 104052-104110 [+] Ensembl |
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| Seed | AUGGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCAGUGUGUCUGUGUGUCUACCUCGUGUUCUAUGGCUUUCAUCCUAUGUGAAUGUUAUCGCACAUGUUCACAUUGGUGGAAGUCAAAGAAGACGUGUGUGGAAACUCACCGCUACUAACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCAGUGUGUCUGUGUGU- CU-| G A CU UGUUAU CUAC CGU UUCU UGGCUUUCAUC AUGUGAA C GGUG GCA AAGA ACUGAAGGUGG UACACUU G CAAUCAUCGCCACUCAAA UGU^ G A U- GUACAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Bla-Mir-135-P6_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUGGCUUUCAUCCUAUGUGAA -22
Get sequence
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| Star sequence | Bla-Mir-135-P6_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CACAUUGGUGGAAGUCAAAGA -59
Get sequence
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