| MirGeneDB ID | Bla-Mir-2057 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2057 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | European lancelet (Branchiostoma lanceolatum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bfl-Mir-2057 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (BraLan2) |
Sc0000110: 922534-922594 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2057) |
Mir-2058
Sc0000110: 921563-921621 [-]
Ensembl
Mir-2057 Sc0000110: 922534-922594 [-] Ensembl |
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| Seed | GAGAAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGUAGUUCCACGGCAUGGAGUCGGGACGGGUGAGAAGUUAGCCAACCAUCCGGCGGGUAUGUGGUACCCGGGUGGUGGUUGACUUCUUCCUCGUUACGGCUCAAUAAUCACCGGAUCGCGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGUAGUUCCACGGCAUG--| GG UG A CGGGUA GAGUCG ACGGG AGAAGUUAGCCA CCAUCCGG U CUCGGC UGCUC UCUUCAGUUGGU GGUGGGCC G GGCGCUAGGCCACUAAUAA^ AU CU - CAUGGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Bla-Mir-2057_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAGAAGUUAGCCAACCAUCCGG -23
Get sequence
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| Star sequence | Bla-Mir-2057_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- GGGUGGUGGUUGACUUCUUCCU -61
Get sequence
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