| MirGeneDB ID | Bla-Mir-4857 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-4857 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | European lancelet (Branchiostoma lanceolatum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bfl-Mir-4857 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (BraLan2) |
Sc0000022: 2100339-2100402 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4857) |
Mir-4869
Sc0000022: 2099011-2099075 [+]
Ensembl
Mir-4857 Sc0000022: 2100339-2100402 [+] Ensembl Mir-4862 Sc0000022: 2101100-2101158 [+] Ensembl |
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| Seed | CGAUGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAAGCCCGUCGUACGAUACCAGUUGUGGUCACGAUGUUUUUGUCUGCUCCAGAGGUGAGUUAUCGCGACUUUGGGACAGACGAAACAUCUCAGACCAACGCUGGGCAUGACAACCUGGCCACGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAAGCCCGUCGUACGAUA-- UG AC-| U CU GGUGAGU CCAGU UGGUC GAUGUUUU GUCUG CCAGA U GGUCG ACCAG CUACAAAG CAGAC GGUUU A AGCACCGGUCCAACAGUACG CA ACU^ - AG CAGCGCU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Bla-Mir-4857_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACGAUGUUUUUGUCUGCUCCAGA -23
Get sequence
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| Star sequence | Bla-Mir-4857_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UGGGACAGACGAAACAUCUCAGA -64
Get sequence
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