| MirGeneDB ID | Bla-Mir-4869 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-4869 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | European lancelet (Branchiostoma lanceolatum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bfl-Mir-4869 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (BraLan2) |
Sc0000022: 2099011-2099075 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4869) |
Mir-4869
Sc0000022: 2099011-2099075 [+]
Ensembl
Mir-4857 Sc0000022: 2100339-2100402 [+] Ensembl Mir-4862 Sc0000022: 2101100-2101158 [+] Ensembl |
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| Seed | CGAUGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAUGGAUCCAUUCUACUGCACGUUUCCGUUACGAUGUUGACUUCCGCUCCUCUGUGCUCAUGUUGUAACUAGAGGGACCUGUAGUCAACACGAGAUGGAAACGCGCCAAAAACUACAAACAGAAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAUGGAUCCAUUCUACU--| A A A UCCGC- GUGCUCAU GC CGUUUCCGUU CG UGUUGACU UCCUCU \ CG GCAAAGGUAG GC ACAACUGA GGGAGA G UAAGACAAACAUCAAAAAC^ C A - UGUCCA UCAAUGUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut -1 on the 3p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Bla-Mir-4869_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACGAUGUUGACUUCCGCUCCUCU -23
Get sequence
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| Star sequence | Bla-Mir-4869_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- AGGGACCUGUAGUCAACACGAGA -65
Get sequence
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