| MirGeneDB ID | Cbr-Mir-73-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-73 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis briggsae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cbr-mir-2225 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cbr-Mir-73-P1a Cbr-Mir-73-P1b Cbr-Mir-73-P2a Cbr-Mir-73-P2b Cbr-Mir-73-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. briggsae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (CB4) |
I: 6952728-6952794 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-73-P3a) |
Mir-73-P3b
I: 6948910-6948966 [-]
Ensembl
Mir-73-P3a I: 6952728-6952794 [-] Ensembl |
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| Seed | GGCAAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCUCUGCAGGCACAAGUCCCUCUCUUUGUCACCGCUUCCUUCCUUGCGCACACCUAAUUCCAGUAGUAAAGGAUGUGGCAAGACAGGCAGCGGUAGAUAAGGGAGAUUGAGACAAUACUUUUUGGAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCUCUGCAGGCACAAGUCC---| U - U UC G CCUAAUUCCA CUC CUUUGUC ACCGCU CCU CUUGC CACA \ GAG GGAAUAG UGGCGA GGA GAACG GUGU G UAGGUUUUUCAUAACAGAGUUA^ - A C CA - AGGAAAUGAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cbr-Mir-73-P3a_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0011497 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCGCUUCCUUCCUUGCGCACA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cbr-Mir-73-P3a_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0011498 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
45- UGGCAAGACAGGCAGCGGUAGA -67
Get sequence
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