| MirGeneDB ID | Cel-Mir-229 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-229 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cel-mir-229 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. elegans | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | C. elegans | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ce11) |
chrIII: 2172459-2172561 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-229) |
Mir-229
chrIII: 2172459-2172561 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-64-P1 chrIII: 2172869-2172936 [+] UCSC Ensembl Mir-64-P2 chrIII: 2173019-2173080 [+] UCSC Ensembl Mir-64-P3 chrIII: 2173124-2173188 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | AUGACAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCCCCUCCCAACGCGGGAAGACUCGCCGGCAAUGACACUGGUUAUCUUUUCCAUCGUGGAAUGCCCCCCAUUGAUUUUUUCCCCUUUUCGGGGGGAAAAAAUUGGAAACGAGAAAGGUAUCGGGUGUCAUAGCCGGCGUGAUCAUCUUCCUCAAGUAUUCCUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 70 80 CCCCCUCCCAACGCGGGAA- CU-| A GGU CCA UGGAAUGCCCCCCAUUGAUUUUUUC GA CGCCGGC AUGACACU UAUCUUUU UCG C CU GCGGCCG UACUGUGG AUGGAAAG AGC C CUCCUUAUGAACUCCUUCUA AGU^ A GCU --- AAAGGUUAAAAAAGGGGGGCUUUUC 160 150 140 130 120 110 100 90 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | Although the seed sequence is the same as the MIR-64 family, and is part of the MIR-64 cluster, the remainder of the sequence is different enough to warrant the recognition of a distinct family. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cel-Mir-229_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0000284 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAUGACACUGGUUAUCUUUUCCAUCG -26
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000284 TargetScanWorm: cel-miR-229 |
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| Star sequence | Cel-Mir-229_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0015112 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
80- AGAAAGGUAUCGGGUGUCAUAGC -103
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0015112 |
