| MirGeneDB ID | Cel-Mir-90 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-90 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cel-mir-90 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cbr-Mir-90-P1 Cbr-Mir-90-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ce11) |
chrIII: 8874001-8874069 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-90) |
Bantam-P2
chrIII: 8865285-8865349 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-238 chrIII: 8867343-8867410 [-] UCSC Ensembl Mir-90 chrIII: 8874001-8874069 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | GAUAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAUUUCUAACAAAACGGGCGCCAUUUCGAGCGGCUUUCAACGACGAUAUCAACCGACAACUCACACUUUUGCGUGUUGAUAUGUUGUUUGAAUGCCCCUUGAAUUGGAUGCCACAGGUUUUCUUUUAUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAUUUCUAACAAAACGG- - U C U -| G CGACAACUCA GCG CCA UUCGAG GGC UUC AACGAC AUAUCAAC \ CGU GGU AAGUUC CCG AAG UUGUUG UAUAGUUG C UUAUUUUCUUUUGGACAC A U C U U^ - UGCGUUUUCA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cel-Mir-90_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0020326 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGGCUUUCAACGACGAUAUCAAC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Cel-Mir-90_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000061 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
46- UGAUAUGUUGUUUGAAUGCCCCU -69
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000061 TargetScanWorm: cel-miR-90 |
