| MirGeneDB ID | Cel-Bantam-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | BANTAM (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cel-mir-80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cel-Bantam-P1 Cel-Bantam-P3 Cel-Bantam-P4 Cel-Bantam-P5a Cel-Bantam-P5b Cel-Bantam-P5c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Bantam Aga-Bantam Agr-Bantam Asu-Bantam-o2 Bge-Bantam Bko-Bantam Bpl-Bantam Cbr-Bantam-P2 Cte-Bantam Dan-Bantam Dgr-Bantam Dlo-Bantam Dma-Bantam Dme-Bantam Dmo-Bantam Dpu-Bantam Dsi-Bantam Dya-Bantam Eba-Bantam Esc-Bantam Gpa-Bantam Gsa-Bantam Gsp-Bantam Hme-Bantam Hru-Bantam Lan-Bantam Lgi-Bantam Lhy-Bantam Llo-Bantam Mgi-Bantam Mom-Bantam Nag-Bantam Npo-Bantam Ofu-Bantam Ovu-Bantam Pau-Bantam Pcr-Bantam Ple-Bantam Pve-Bantam Sma-Bantam Sne-Bantam Snu-Bantam Tca-Bantam Tur-Bantam War-Bantam | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ce11) |
chrIII: 8865285-8865349 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Bantam-P2) |
Bantam-P2
chrIII: 8865285-8865349 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-238 chrIII: 8867343-8867410 [-] UCSC Ensembl Mir-90 chrIII: 8874001-8874069 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | GAGAUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUUCCUUUUUCAAUGGACACUCGUUCGCUCAGCUUUCGACAUGAUUCUGAACAAUCCGCAAGCCCAUGUUGUUGAGAUCAUUAGUUGAAAGCCGAAUGAUCAGAGAUAUCCACAUUCACAACCUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUUCCUUUUUCAAUGGACA- GU- C A --| U G AAUCCGCA CUC UCG UC GCUUUCGAC AUGAU CU AAC A GAG AGU AG CGAAAGUUG UACUA GA UUG G GUCCAACACUUACACCUAUA ACU A C AU^ - G UUGUACCC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cel-Bantam-P2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0000052 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCUUUCGACAUGAUUCUGAAC -22
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000052 TargetScanWorm: cel-miR-227 |
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| Mature sequence | Cel-Bantam-P2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000053 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- UGAGAUCAUUAGUUGAAAGCCGA -65
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000053 TargetScanWorm: cel-miR-80 |
