| MirGeneDB ID | Cbr-Bantam-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | BANTAM (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis briggsae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cbr-mir-80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cbr-Bantam-P1a Cbr-Bantam-P1b Cbr-Bantam-P3 Cbr-Bantam-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Bantam Aga-Bantam Agr-Bantam Asu-Bantam-o2 Bge-Bantam Bko-Bantam Bpl-Bantam Cel-Bantam-P2 Cte-Bantam Dan-Bantam Dgr-Bantam Dlo-Bantam Dma-Bantam Dme-Bantam Dmo-Bantam Dpu-Bantam Dsi-Bantam Dya-Bantam Eba-Bantam Esc-Bantam Gpa-Bantam Gsa-Bantam Gsp-Bantam Hme-Bantam Hru-Bantam Lan-Bantam Lgi-Bantam Lhy-Bantam Llo-Bantam Mgi-Bantam Mom-Bantam Nag-Bantam Npo-Bantam Ofu-Bantam Ovu-Bantam Pau-Bantam Pcr-Bantam Ple-Bantam Pve-Bantam Sma-Bantam Sne-Bantam Snu-Bantam Tca-Bantam Tur-Bantam War-Bantam | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (CB4) |
III: 14440888-14440953 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Bantam-P2) |
Bantam-P2
III: 14440888-14440953 [-]
Ensembl
Mir-238 III: 14445088-14445154 [-] Ensembl Mir-90-P1 III: 14455369-14455431 [+] Ensembl Mir-90-P2 III: 14456991-14457056 [-] Ensembl |
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| Seed | GAGAUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UACCCUCUCUACUUGGACACUCUUUCGCUCAGCUUUCGACAUGAUUCUAAACAAUACGCUGUCGCAAUGUUGUUGAGAUCAUUAGUUGAAAGCCGAACGAUUCGAGAUAUCCAAUUUAAUAAGAACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UACCCUCUCUACUUGGACA- UU- C A --| U A AAUACGCUG CUC UCG UC GCUUUCGAC AUGAU CU AAC \ GAG AGC AG CGAAAGUUG UACUA GA UUG U CAAGAAUAAUUUAACCUAUA CUU A C AU^ - G UUGUAACGC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cbr-Bantam-P2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCUUUCGACAUGAUUCUAAAC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cbr-Bantam-P2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000487 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- UGAGAUCAUUAGUUGAAAGCCGA -66
Get sequence
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