| MirGeneDB ID | Cja-Mir-105-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-105 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cja-Mir-105-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-105-P2 Cfa-Mir-105-P2 Eca-Mir-105-P2 Hsa-Mir-105-P2 Mml-Mir-105-P2 Mmr-Mir-105-P2 Ocu-Mir-105-P2 Pab-Mir-105-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021937.1: 144013000-144013058 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-105-P2) |
Mir-105-P2
CM021937.1: 144013000-144013058 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-105-P1 CM021937.1: 144015123-144015181 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | CAAAUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCUGUUGCAGAACCUGAGUGUGCAUCGUGGUCAAAUGCUCAGACUCCUGUGGUGGCUGUUCAUGCACCACGGAUGUUUGAGCAUGUGCUACGGUGUCUACUUUUGCUACAUUGCCGUCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCUGUUGCAGAACCUGA--| U U A UC GCUG GUG GCAUCGUGG CA AUGCUCAGAC CUGUGGUG U CAU UGUGGCAUC GU UACGAGUUUG GGCACCAC U UCUGCCGUUACAUCGUUUU^ C - G UA GUAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cja-Mir-105-P2_5p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCAAAUGCUCAGACUCCUGUGGUG -24
Get sequence
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| Star sequence | Cja-Mir-105-P2_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CCACGGAUGUUUGAGCAUGUGCU -59
Get sequence
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